KSeF a NIP oddziału przedsiębiorcy zagranicznego: ogólnikowa odpowiedź MF

Interpelacja poselska złożona kilka miesięcy po uruchomieniu obowiązkowego KSeF dla największych podatników poruszyła problem, który dla wielu zagranicznych spółek działających w Polsce przez oddział stał się prawdziwym utrapieniem: co zrobić, gdy kontrahent wystawił fakturę na nieprawidłowy (choć wskazany w KRS) NIP? Choć z odpowiedzi Ministerstwa Finansów wynika, że w takiej sytuacji oddziały zagranicznych spółek zachowują prawo do odliczenia VAT i kosztów podatkowych, to zaprezentowane stanowisko nie dotyka istoty problemu.

Jak KSeF identyfikuje podmioty?

Dla podatników, których wartość sprzedaży brutto w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł, Krajowy System e-Faktur stał się obowiązkowy 1 lutego 2026 r. System – zgodnie z art. 106ga ust. 1 ustawy o VAT – nakłada na podatników obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF. Zgodnie z jego specyfiką faktury są w Systemie identyfikowane i dystrybuowane na podstawie numeru identyfikującego dla potrzeb VAT nabywcy. W Polsce dla podmiotów zarejestrowanych dla potrzeb VAT jest on identyczny treściowo z Numerem Identyfikacji Podatkowej (NIP).

W kontekście KSeF dla krajowych przedsiębiorców i osób prawnych mających siedzibę w Polsce powyższa zasada działa bezproblemowo – jeden podmiot, jeden NIP, jedno konto w KSeF. Jednak w przypadku oddziałów zagranicznych przedsiębiorców sprawa komplikuje się.

Skąd dwa numery NIP dla oddziałów przedsiębiorców zagranicznych?

W praktyce podatkowej oddziały zagranicznych spółek działających w Polsce najczęściej funkcjonują z dwoma różnymi numerami NIP: jednym przypisanym jednostce macierzystej dla celów rozliczeń CIT i VAT, oraz drugim – nadanym oddziałowi jako płatnikowi podatku dochodowego od osób fizycznych (PIT) i składek ZUS. To właśnie ten drugi NIP, ujawniony w Krajowym Rejestrze Sądowym, bywa mylnie wskazywany przez kontrahentów, którzy dokonują sprzedaży na rzecz takich podmiotów. Może to być rezultatem automatycznego pobrania tego numeru do kartoteki klientów przez program fakturowy użytkowany przez kontrahenta.

Tymczasem z perspektywy VAT jest tylko jeden podatnik — spółka matka za granicą. Oddział jest bowiem jedynie wyodrębnioną i samodzielną organizacyjnie częścią działalności gospodarczej, który nie posiada odrębnej podmiotowości prawnej. Podmiotem prowadzącym działalność w Polsce pozostaje zatem przedsiębiorca zagraniczny — nie zaś oddział.

Co więcej, Naczelny Sąd Administracyjny w dwóch wyrokach jednoznacznie stwierdził, że żądanie posiadania przez oddział drugiego NIP jest sprzeczne z prawem. W wyroku z 30 stycznia 2025 r. (sygn. akt III FSK 1274/24) Sąd potwierdził, że w przypadku podmiotu, który na mocy odrębnych przepisów jest już podatnikiem, przymiot bycia płatnikiem, nie jest związany z obowiązkiem ponownego zgłoszenia ewidencyjnego i starania się o drugi NIP. Identyczne stanowisko NSA zajął w wyroku z 8 maja 2025 r. (sygn. akt III FSK 172/25).

O co zapytano Ministerstwo Finansów?

Podobnie jak inne zagadnienia związane z Systemem, także kwestia faktur ustrukturyzowanych dla oddziałów przedsiębiorców zagranicznych przykuła uwagę Sejmu. W interpelacji nr 17118 z 12 maja 2026 r. poseł Stanisław Tomczyszyn zadał Ministerstwu Finansów pięć pytań dotyczących skutków podatkowych faktur ustrukturyzowanych wystawionych na NIP oddziału nadany dla celów PIT i ZUS.

Wiceminister finansów Jarosław Neneman udzielił na nie odpowiedzi 21 czerwca 2026 r. W odpowiedzi Ministerstwo potwierdziło, że faktura wystawiona z błędnym NIP nabywcy – jeżeli odzwierciedla rzeczywistą czynność opodatkowaną i spełnione są przesłanki materialne z art. 86 ustawy o VAT, zaś nie zostały spełnione przesłanki negatywne z art. 88 ustawy o VAT – uprawnia nabywcę do odliczenia VAT naliczonego. Analogicznie, dla celów CIT numer NIP ujęty na fakturze nie decyduje o możliwości zaliczenia wydatku do kosztów uzyskania przychodu – kluczowe jest, czy faktura dokumentuje rzeczywiste zdarzenie gospodarcze.

Jednocześnie jednak Ministerstwo wciąż obstaje przy wymogu technicznego skorygowania faktury, co w przypadku KSeF oznacza jej skorygowanie „do zera” i uzyskanie przez nabywcę faktury z prawidłowymi danymi nabywcy.

Ministerstwo poinformowało również, że nie są obecnie planowane żadne zmiany przepisów ustawowych, objaśnienia podatkowe ani interpretacja ogólna w tej sprawie, odsyłając podatników do Podręcznika KSeF 2.0. Resort finansów przypomniał o trwającym od 9 czerwca 2026 r. cyklu spotkań konsultacyjnych dotyczących zmian biznesowych i technicznych w KSeF.

Odpowiedź MF: ogólnikowa i omijająca sedno problemu

Pod względem merytorycznym odpowiedź wiceministra finansów jest poprawna — faktura z błędnym NIP nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia VAT ani nie wyklucza rozpoznania kosztu podatkowego. To dobra wiadomość dla podatników. Jednak trudno oprzeć się wrażeniu, że Ministerstwo nie zmierzyło się z praprzyczyną problemu.

Choć Ministerstwo Finansów uspokaja, że oddziały zagranicznych spółek, które otrzymały faktury zakupowe z NIP oddziału zamiast NIP jednostki macierzystej, zachowują prawo do odliczenia VAT i kosztów podatkowych, to jednocześnie utrzymuje, że w takiej sytuacji konieczne jest uzyskanie od sprzedawcy faktury korygującej „do zera” oraz nowej faktury z prawidłowym NIP.

Organy podatkowe konsekwentnie twierdziły, że oddziały muszą posiadać odrębny NIP jako płatnicy PIT i ZUS, ale po latach sporów interpretacyjnych to podejście zostało jednoznacznie odrzucone przez NSA. Tymczasem eksperci Ministerstwa Finansów nie wzięli pod uwagę tego zagadnienia podczas planowania podstawowych założeń KSeF, które opierają się między innymi na idei identyfikacji podmiotów w oparciu o NIP. Obecnie skutki tej praktyki – w postaci faktur ustrukturyzowanych wystawionych masowo z błędnym NIP, które nigdy nie docierają na konto nabywcy w tym Systemie – są przerzucane na podatników.

Co więcej, Ministerstwo powtarza po raz kolejny, że przy nieprawidłowym NIP nabywcy (Podmiot2) wymagane ze względów technicznych jest korygowanie faktur „do zera” i wystawienie nowych, poprawnych faktur w Systemie. Widać tu brak konsekwencji Ministerstwa Finansów i organów podatkowych, ponieważ w interpretacji z 2 lutego 2022 r. Dyrektor KIS wskazywał (sygn. 0111-KDIB3-1.4012.942.2021.1.KO), że faktura korygująca „do zera” powinna być wystawiana wyłącznie wtedy, gdy nie doszło do dostawy lub wykonania usługi, a same trudności techniczne podatnika nie mogą wpływać na kwestie podatkowe. Choć w tym względzie przepisy ustawy o VAT nie uległy zmianie, to dzisiaj Minister Finansów uczynił z korekty „do zera” standard przy omyłkach w NIP nabywcy w KSeF, także kiedy transakcja rzeczywiście miała miejsce.

Co to oznacza dla przedsiębiorców?

Oddziały zagranicznych spółek, które otrzymały faktury zakupowe z NIP oddziału zamiast NIP jednostki macierzystej, na pozór mogą odetchnąć: ich prawo do odliczenia VAT i kosztów podatkowych nie jest zagrożone. Jednak Ministerstwo wciąż utrzymuje, że w takiej sytuacji konieczne jest uzyskanie od sprzedawcy faktury korygującej „do zera” oraz nowej faktury z prawidłowym NIP – co w środowisku KSeF oznacza dodatkowe obciążenie operacyjne dla obu stron transakcji. Nierzadko wystawienie dużej liczby faktur korygujących „in minus” oraz ponowne wystawienie faktur sprzedażowych będzie stanowić poważne wyzwanie dla sprzedawcy.

W kontekście stanowiska Ministerstwa Finansów zalecane jest informowanie sprzedawców o prawidłowym NIP do uwzględnienia na fakturach sprzedażowych. Z kolei potencjalni sprzedawcy powinni przeprowadzić weryfikację bazy kontrahentów pod kątem właściwego NIP, jeśli dotąd nie miało to miejsca. Aby faktura ustrukturyzowana trafiła do nabywcy bezproblemowo, w elemencie przeznaczonym na dane nabywcy powinien znaleźć się NIP uwzględniony w Wykazie podatników VAT (Biała Lista) zamiast NIP wykazanego w KRS.

Pomimo zapowiedzianych konsultacji KSeF z rynkiem jest mało prawdopodobne, aby przyniosły one zmianę w bazowych założeniach technicznych Systemu, dlatego należy spodziewać się, że to na podatnikach w dalszym ciągu będzie spoczywać ciężar zaadresowania problemu NIP oddziału przedsiębiorcy zagranicznego.

Jeśli mają Państwo problemy lub wątpliwości związane z wystawianiem w KSeF faktur na rzecz nabywców będących oddziałami przedsiębiorców zagranicznych, zapraszamy do kontaktu.