Kolejna grupa przedsiębiorców 1 kwietnia 2026 r. została objęta obowiązkiem wystawiania faktur sprzedażowych w KSeF. Dotychczas wydawało się, że przynajmniej część podatników korzystających ze zwolnienia z VAT ma szansę pozostać poza Systemem, dokumentując sprzedaż w relacjach B2B z wykorzystaniem rachunków. Fiskus zmienił jednak zdanie w tym zakresie, wymuszając na podatnikach zwolnionych z VAT stosowanie faktur – a w konsekwencji także ich wystawianie za pośrednictwem KSeF.
Jeszcze do niedawna wielu podatników korzystających ze zwolnienia z VAT – zarówno tego o charakterze podmiotowym (nieprzekraczających limitu sprzedaży w wysokości 240 000 zł rocznie), jak i przedmiotowym (świadczących np. usługi finansowe, medyczne czy kulturalne) – zakładało, że wystawianie rachunków pozwoli im pozostać poza KSeF. Zgodnie z przepisami ustawy o VAT nie ciąży na nich bowiem, co do zasady, obowiązek wystawiania faktur z tytułu dokonywanej przez nich sprzedaży. Konieczność udokumentowania transakcji fakturą powstaje w ich przypadku dopiero wówczas, gdy nabywca zgłosi takie żądanie.
W praktyce oznacza to, że jeżeli podatnicy zwolnieni z VAT zdecydują się dokumentować sprzedaż na rzecz innych przedsiębiorców za pomocą faktury, dokument ten będzie podlegał obowiązkowi wystawienia w KSeF niezależnie od tego, że sama transakcja korzysta ze zwolnienia z VAT.
Inaczej jest natomiast w sytuacji, gdy kontrahent zaakceptuje rachunek wystawiany na podstawie art. 87 § 1 Ordynacji podatkowej – takie dokumenty pozostają bowiem poza zakresem KSeF, a więc nie podlegają wprowadzeniu do systemu.
Dotychczasowe stanowisko organów podatkowych
W rozstrzygnięciach wydawanych do końca 2025 r. fiskus rzeczywiście potwierdzał prawidłowość takiego podejścia.
Chociażby w wydanej 27 października 2025 r. interpretacji indywidualnej Dyrektor KIS uznał, że podatnik korzystający ze zwolnienia z VAT może kontynuować taką praktykę również po wdrożeniu KSeF. Jednocześnie wskazano, że rachunki nie podlegają wprowadzeniu do Systemu, który obejmuje wyłącznie faktury ustrukturyzowane.
Niespodziewana zmiana kierunku
Takie stanowisko nie uzyskało jednak – jak się wydaje – aprobaty samego Ministerstwa Finansów, które na początku 2026 r. wskazało, że także podatnicy zwolnieni z VAT pozostają w reżimie ustawy o VAT. Skoro zaś przepisy tej ustawy przewidują fakturę jako podstawowy sposób dokumentowania transakcji, to również w przypadku sprzedaży zwolnionej właściwym dokumentem pozostaje faktura, która zgodnie z nowymi przepisami co do zasady podlega obowiązkowi wystawienia w KSeF.
Rachunek nie pełni funkcji równoważnej wobec faktury i jego wystawienie nie eliminuje obowiązków wynikających z przepisów ustawy o VAT. W konsekwencji możliwość posługiwania się rachunkami została ograniczona do szczególnych przypadków – przede wszystkim czynności pozostających poza zakresem VAT, działań podmiotów niebędących podatnikami oraz specyficznych sytuacji dotyczących rolników ryczałtowych.
Rachunek nie pełni funkcji równoważnej wobec faktury i jego wystawienie nie eliminuje obowiązków wynikających z przepisów ustawy o VAT. W konsekwencji możliwość posługiwania się rachunkami została ograniczona do szczególnych przypadków – przede wszystkim czynności pozostających poza zakresem VAT, działań podmiotów niebędących podatnikami oraz specyficznych sytuacji dotyczących rolników ryczałtowych.
Analogiczne wnioski znalazły odzwierciedlenie w zaktualizowanych materiałach wydawanych przez resort, w tym w najnowszej wersji Podręcznika KSeF 2.0. Ministerstwo wyraźnie akcentuje tam rozdzielność pojęciową faktury i rachunku, wskazując, że nie są to dokumenty zamienne, a ich funkcje wynikają z odmiennych podstaw prawnych. W konsekwencji ewentualny „wybór” rachunku zamiast faktury ma – w ocenie fiskusa – charakter pozorny, ponieważ na gruncie VAT pierwszeństwo zawsze przypisane jest fakturze.
Wymuszona zmiana praktyki
Kierunek wytyczony przez resort finansów został następnie potwierdzony w praktyce interpretacyjnej organów podatkowych. Dyrektor KIS, m.in. w interpretacji indywidualnej z 12 marca 2026 r., odszedł od prezentowanego wcześniej stanowiska i wskazał, że rachunek nie powinien być traktowany jako substytut faktury. Choć podatnik zwolniony z VAT co do zasady nie ma obowiązku wystawienia faktury, sytuacja ta zmienia się w momencie, gdy transakcja ma zostać udokumentowana – czy to na żądanie nabywcy, czy z inicjatywy samego podatnika. Wówczas właściwą formą pozostaje faktura.
Tym samym aktualna linia interpretacyjna prowadzi do wniosku, że dokumentowanie sprzedaży przez podatników zwolnionych z VAT przy użyciu rachunków – w typowych relacjach gospodarczych – nie znajduje już akceptacji organów podatkowych.W praktyce oznacza to, że jeżeli dana czynność mieści się w zakresie regulacji ustawy o VAT, a podatnik decyduje się ją udokumentować (bez względu na to, czy jest to żądanie nabywcy, czy własna inicjatywa podatnika), powinien sięgnąć po fakturę. Rachunek nie może być w ocenie fiskusa traktowany jako odpowiednik czy zamiennik faktury, a jego wystawienie nie znosi obowiązku fakturowania.Co dalej?
Powyższe stanowisko organów trudno jest zaakceptować, nie idą bowiem za nim żadne konkretne zmiany w treści przepisów. Wydaje się tym samym, że mamy do czynienia przede wszystkim z nową wykładnią fiskusa, która w praktyce może istotnie zmienić dotychczasowe zasady gry bez ingerencji ustawodawcy, a także przynieść kolejne spory pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi.Nie oznacza to jednak, że podatnicy korzystający ze zwolnienia z VAT zostali pozostawieni w sytuacji bez wyjścia. Systemu wciąż można uniknąć, gdy nabywca nie oczekuje żadnego dokumentu potwierdzającego transakcję (co w praktyce zdaje się jednak mało prawdopodobne), a także wtedy, gdy sprzedaż dokonywana jest na rzecz konsumentów, tj. osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej.Obowiązkowy KSeF ominie do końca bieżącego roku także podatników, których sprzedaż nie przekracza 10 000 zł miesięcznie. Dla nich KSeF stanie się dla obowiązkowy dopiero 1 stycznia 2027 r.
Autor: Michał Pysiewicz, doradca podatkowy
