Postępowanie podatkowe to sformalizowana i często skomplikowana procedura administracyjna, którą organy podatkowe prowadzą w celu ustalenia prawidłowej wysokości zobowiązań podatkowych lub wyjaśnienia ewentualnych nieprawidłowości w rozliczeniach podatnika. 

Postępowanie podatkowe może być wszczęte z inicjatywy organu podatkowego (z urzędu), w przypadku stwierdzenia przez niego nieprawidłowości w rozliczeniach podatnika, jak również na wniosek samego podatnika lub innego uprawnionego podmiotu, który ma w tym interes prawny, takiego jak płatnik. Organ inicjuje wszczęcie postępowania, gdy ma na celu ochronę interesu państwa lub interesu społecznego.

Różnice między kontrolą podatkową a postępowaniem podatkowym polegają na ich celu, przebiegu, skutkach prawnych oraz prawach podatnika.

Kontrola podatkowa jest procesem mniej sformalizowanym niż postępowanie podatkowe. W przeciwieństwie do postępowania kończy się sporządzeniem protokołu z kontroli, który nie stanowi decyzji administracyjnej i nie jest źródłem zobowiązań dla podatnika. Jest to rodzaj procedury, która ma na celu dokonanie wstępnej oceny sytuacji podatnika, w szczególności poprawności jego rozliczeń ze Skarbem Państwa.

Natomiast postępowanie podatkowe kończy się wydaniem decyzji administracyjnej, co rodzi dla podatnika daleko idące konsekwencje. Decyzja ta, w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości, określa lub ustala wysokość zobowiązania podatkowego i może stanowić podstawę do prowadzenia egzekucji, czyli egzekwowania od podatnika należności. 

Inna istotna różnica polega na tym, że w kontroli prawa podatnika są ograniczone, zaś w przypadku postępowania podatnik posiada pełnię uprawnień wynikających z dysponowania statusem strony. 

Należy pamiętać, że nie w każdej sytuacji postępowanie podatkowe jest poprzedzone kontrolą. Może być prowadzone również wtedy, gdy kontrola nie została przeprowadzona. 

Decyzja organu podatkowego, z którą podatnik się nie zgadza, może zostać zaskarżona w drodze odwołania. W odwołaniu podatnik musi wykazać, dlaczego wydane w stosunku do niego rozstrzygnięcie jest nieprawidłowe. Postępowanie odwoławcze polega na ponownym rozpatrzeniu i rozstrzygnięciu sprawy przez organ podatkowy wyższego stopnia. Należy pamiętać, że odwołanie musi zostać wniesione w odpowiednim terminie, do odpowiedniego organu i musi spełniać określone wymogi formalne. 

Jeżeli odwołanie podatnika nie zostanie uwzględnione przez organ wyższego stopnia, podatnik może odwołać się do sądu, składając skargę. Skarga jest jeszcze bardziej sformalizowanym pismem i w jej przypadku także należy przestrzegać ściśle określonych terminów. Jeżeli wojewódzki sąd administracyjny po raz kolejny nie podzieli stanowiska podatnika, możliwe jest zwrócenie się o kontrolę wydanego wyroku przez Naczelny Sąd Administracyjny, przy czym skarga – w tym przypadku – kasacyjna, co do zasady musi zostać podpisana przez profesjonalnego pełnomocnika. Wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego są prawomocne z chwilą ich wydania, co oznacza, że nie przysługują od nich środki odwoławcze. 

Warto pamiętać, że samo wniesienie skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego nie powoduje, że zaskarżona decyzja nie podlega wykonaniu. Taka decyzja również może stanowić podstawę do wszczęcia postępowania egzekucyjnego, w toku którego należności zostaną przymusowo wyegzekwowane na rzecz Skarbu Państwa. 

Postępowanie karne skarbowe jest procedurą, której celem jest wyrównanie uszczerbku finansowego Skarbu Państwa, samorządu terytorialnego lub innego uprawnionego podmiotu, spowodowanego popełnieniem przestępstwa lub wykroczenia skarbowego. W ramach tego postępowania właściwe organy mają za zadanie wykrycie i ukaranie sprawcy przestępstwa lub wykroczenia skarbowego i pociągnięcie go do odpowiedzialności poprzez wymierzenie adekwatnej kary.

Postępowanie karne skarbowe jest niezależne od kontroli podatkowej i postępowania podatkowego i regulują je zupełnie odrębne przepisy, ale często pozostaje z nimi powiązane, w sytuacjach, w których ujawnienie przestępstwa lub wykroczenia skarbowego następuje właśnie w toku kontroli lub postępowania.